JavaScriptでの実装が必要とはなりますが、可能です。

申請フォームの「ページ表示時のJavaScript」にて、チェックボックスにチェックを入れる処理を実装します。
※ページ表示時にJavaScriptを動作させる方法は「入力フォーム表示時にJavaScriptを動作させたい」を確認ください。

実装する処理は、製品バージョンおよびフォーム形式によって異なります。
以下、ご利用の環境の内容をご確認ください。
・V5.2.0以降のバージョン＆フォーム形式の場合
・V5.2.0より前のバージョン＆フォーム形式の場合
・旧バージョン形式のフォーム（JSP）／JSPフォームの場合

◆V5.2.0以降のバージョン＆フォーム形式の場合
　例として、申請フォーム表示時にオブジェクト名「ICHECK000」のチェックボックスにチェックを入れる方法を説明します。
　以下の処理を参考に、スクリプトを申請フォームのページ表示時のJavaScriptに実装してください。

　【サンプル処理】

// APIをインスタンス化
var forms = new iftc.cwf.api.Forms();

if( forms.isShownFirst() ){
      // 初回表示のときチェックボックスにチェックを入れる
      new iftc.cwf.api.FormObject("ICHECK000").setChecked(true);

}

　　サンプル処理を実装した場合、以下のような操作を行った場合にも、サンプル処理が動作しますのでご注意ください。
　　・下書き保存した案件を表示した時
　　・案件を再申請／再承認するために入力フォームを表示した時

◆V5.2.0より前のバージョン＆フォーム形式の場合
　例として、申請フォーム表示時にオブジェクト名「ICHECK000」のチェックボックスにチェックを入れる方法を説明します。
　以下の処理を参考に、スクリプトを申請フォームのページ表示時のJavaScriptに実装してください。

　【サンプル処理】

var checkBox = document.getElementsByName("ICHECK000");
var len = checkBox.length;
for(var i=0 ; i < len ; i++){
      // チェックボックスにチェックを入れる
      checkBox[i].checked = true;

      // チェックマーク種別が「グラフィカル」の場合に追記(※1) ここから--------
      // APIをインスタンス化
      var forms = new iftc.cwf.api.Forms();

      // iftc.cwf.api.Forms.invokeEvent() を利用し入力フォームに反映
      forms.invokeEvent(checkBox[i], "onChange");
      forms.invokeEvent(checkBox[i], "onBlur");
      // 追記ここまで-------------------------------------------------------------------

}

　　なお、サンプル処理を実装した場合、以下のような操作を行った場合にも、サンプル処理が動作しますのでご注意ください。
　　・ルートの確認画面上の[入力フォームに戻る]ボタンにより入力フォームを再表示した時
　　・マルチフォームの追加・削除した時
　　・申請件名に禁則文字が含まれている状態で、[申請する]ボタンをクリックした時
　　・下書き保存した案件を表示した時
　　・案件を再申請／再承認するために入力フォームを表示した時

　　(※1)チェックマーク種別が[グラフィカル]のチェックボックスに対して、JavaScriptでchecked属性値を設定した場合、
　　　　値は設定されますが、入力フォーム上の表示が反映されません。
　　　　iftc.cwf.api.Forms.invokeEvent() を使用し、onChange、onBlur イベントを強制実行することで、入力フォーム上の表示が
　　　　反映されます。

◆旧バージョン形式のフォーム（JSP）／JSPフォームの場合
　例として、申請フォーム表示時にオブジェクト名「PCHECK000」のチェックボックスにチェックを入れる方法を説明します。
　以下処理を参考に、スクリプトを申請フォームのページ表示時のJavaScriptに実装してください。

　【サンプル処理】

var checkBox = document.getElementsByName("PCHECK000")[0];
var len = checkBox.length;
for(var i=0 ; i < len ; i++){
      // チェックボックスにチェックを入れる
      checkBox[i].checked = true;
}

　なお、サンプル処理を実装した場合、以下のような操作を行った場合にも、サンプル処理が動作しますのでご注意ください。
　・[申請詳細設定]画面の[入力画面に戻る]ボタンにより入力フォームを再表示した時
　・下書き保存した案件を表示した時
　・案件を再申請／再承認するために入力フォームを表示した時