はい、可能です。
毎日決まった時刻にCreaete!Webフローを起動、停止する方法をご説明します。

１．起動/停止用のバッチファイルを作成します。

　　Windowsの「net start/stop」コマンドを使用して、サービスの起動/停止を行うバッチファイルを作成します。
　　コマンドに指定するサービス名は以下の通りです。

　　Create!Webフロー サービス名： "Create!WebFlow"
　　※導入時期により、サービス名が異なる場合がありますので、あらかじめご確認ください。

　　以下のコマンドを起動/停止用のバッチファイルにそれぞれ記述します。
　　　・サービスの起動
　　　　net start Create!WebFlow
　　　・サービスの停止
　　　　net stop Create!WebFlow

２．Windowsのタスクスケジューラにバッチファイルを登録します。

　　１で作成したバッチファイルを、Windowsのタスクスケジューラで任意の時間に起動するよう設定します。

　　※上記の説明は、Windowsにインストールした場合を想定しています。